Le origini romane della città sono testimoniate da alcuni reperti ritrovati nella zona, ma le vicende di Santa Margherita, confermate dai documenti partono dal Medioevo.Dopo essere diventata un feudo della famiglia Fieschi nel XIII secolo passò sotto il controllo genovese. E così fu fino alla fine del Settecento.
    Il 18 luglio del 1798 il borgo era ancora diviso in due borgate autonome: Corte che si trovava davanti alla zona portuale e Pescino sul fianco a mare della chiesa parrocchiale, lungo la spiaggia di Ghiaia, divise dalla collina. Ebbene quel giorno si installarono a Pescino i Municipalisti che presiedettero il Cantone di Santa Margherita e il Cantone di San Giacomo, due cantoni che fra loro furono, spesso, in aspre rivalità.     

    II 22 dicembre 1812, Napoleone, con un decreto imperiale unì definitivamente Santa Margherita e San Giacomo in un solo comune che portava il suo augusto nome: Porto Napoleone, ma dopo la caduta dell'impero si insediò a Genova il governatore e i singoli comuni furono affidati ad amministrazioni provvisorie.
    Nel 1818 per volontà del governatore, sorse la città di Santa Margherita di Rapallo, guidata da un Consiglio degli Anziani, capeggiati da Gerolamo Costaguta.
     Dopo 45 anni sarà Vittorio Emanuele II a decretare definitivamente il nome di Santa Margherita Ligure nel 1863.
 

Il porto dei delfini
Fenici, greci o romani? Non esistono certezze a quale dei tre popoli vada attribuita la fondazione di Portofino, ma forse le vicende del piccolo borgo hanno scritto i primi capitoli in tempi ancora precedenti, considerando che un riparo naturale dai venti e dal mare così favorevole difficilmente può essersi sottratto a insediamenti umani di epoca protostorica. Anche sull'origine del nome esiste qualche margine di dubbio: i più, però, sposano quella di Portus Delphini, il porto dei delfini, la versione avanzata da Plinio nel terzo libro della Naturalis Historia. L'Itinerarium Maritimum, un portolano del terzo secolo dopo Cristo, cita a sua volta Portus Delphini tra i porti liguri, accanto a Genova, Vado, Albenga e Porto Maurizio.
Divenuta colonia ai tempi della dominazione romana, nell'Alto Medioevo Portofino finì sotto la giurisdizione degli imperatori del Sacro Romano Impero. Donata da Adelaide imperatrice e regina d'Italia, nel 986 divenne possesso dei padri Benedettini Cassinesi di San Fruttuoso, i quali nel 1171 la cedettero ai consoli di Rapallo per 170 lire di Genova. Dopo la dominazione francese passò ai Fiorentini poi, nel 1425, fu occupata da Tommaso Campo Fregoso. Al termi-ne di una lunga serie di dispute che videro protagonisti i Fieschi, gli Sforza e i Doria, il borgo fu acquisito stabilmente dalla Repubblica di Genova, con le cui vicende si identifica la storia che porta al 1814. Nel 1815, insieme con la Repubblica di Genova, il Congresso di Vienna assegnò la "perla del mondo "al Regno di Sardegna.